La Fundación de Apoyo al Museo Nacional de Ciencia y Tecnología, comenzó su andadura a lo largo del año 1999, cuando se formó una Comisión Gestora en la que participaron diferentes organismos públicos, personal del propio Museo, empresas y diferentes personalidades del mundo científico y académico.
De los trabajos de la Comisión se concretaron los Estatutos actuales,  que posteriormente fueron presentados y aprobados por el Protectorado de Fundaciones del Ministerio de Cultura, y a partir de ese momento se puso en marcha la Fundación.

La Fundación de Apoyo al Museo Nacional de Ciencia y Tecnología es una entidad privada sin ánimo de lucro, de ámbito nacional, clasificada como fundación docente y de investigación por la Orden Ministerial de 2 de junio de 2000. Su principal finalidad es el fomento de la difusión de la historia de la ciencia y la tecnología en España, con especial dedicación en el apoyo al Museo Nacional de Ciencia y Tecnología.
Durante sus 10 años de existencia, las subvenciones y los proyectos de investigación y de difusión de la cultura científica, unidos a las aportaciones de sus propios patronos, han permitido el desarrollo y mejora de sus programas.

Las actividades, son revisadas por el Museo y enriquecidas y avaladas con las aportaciones del Consejo Científico de la Fundación, formado por personalidades de importante relevancia del mundo científico, docente, museístico y de la tecnología.